Ο αθέμιτος ανταγωνισμός και η έλλειψη χώρου για την εγκατάσταση των μονάδων είναι τα κυριότερα προβλήματα που πρέπει να αντιμετωπίσει ο κλάδος της ιχθυοκαλλιέργειας.
Σύμφωνα με στοιχεία που κατατέθηκαν στο Κοινοβούλιο οι αλιευτικοί πόροι γίνονται σπάνιοι και όπου η παγκόσμια ζήτηση σε ψάρια και οστρακοειδή συνεχίζει να αυξάνεται, η υδατοκαλλιέργεια αποκτά όλο και μεγαλύτερη σημασία. Αξίζει να σημειωθεί ότι η υδατοκαλλιέργεια από το 1970 αναπτύσσεται ταχύτερα από οποιοδήποτε άλλο κλάδο παραγωγής τροφίμων με μέσο όρο ετήσιας ανάπτυξης 8% και ετήσιας παραγωγής που πλησιάζει τους 45 εκ. τόνους παγκοσμίως. Μάλιστα ο Οργανισμός των Ηνωμένων Εθνών για τα τρόφιμα και τη γεωργία προβλέπει ότι η κατανάλωση αλιευτικών προϊόντων θα αυξηθεί μέχρι το 2030 κατά 50% και ότι το μεγαλύτερο τμήμα της ζήτησης θα καλυφθεί από την υδατοκαλλιέργεια, δηλαδή αύξηση της παραγωγής κατά 40 εκ. τόνους.
Η ευρωπαϊκή υδατοκαλλιέργεια -με βάση στοιχεία- θα μπορούσε να επωφεληθεί από αυτήν την τάση και να αξιοποιήσει τα συγκριτικά της πλεονεκτήματα. Η Ευρωπαϊκή Ένωση είναι η μεγαλύτερη αγορά ιχθυηρών, έχει μακρά παράδοση σε θέματα οστρακοκαλλιέργειας και ιχθυοτροφίας σε γλυκό και θαλασσινό νερό, έχει δυναμική έρευνα αιχμής και σύγχρονη τεχνολογία, ειδικευμένους και πεπειραμένους ιχθυοτρόφους, κατάλληλες κλιματικές συνθήκες και ιδανικούς τόπους για τα εκτρεφόμενα είδη.
Παρόλη τη σπουδαιότητά του ο κλάδος της υδατοκαλλιέργειας -αναφέρετε- είναι εκτεθειμένος σε προβλήματα που εμποδίζουν την ανάπτυξή του. Τα κυριότερα είναι η εισαγωγή αλιευτικών προϊόντων από τρίτες χώρες με χαμηλό κόστος παραγωγής και ο ανταγωνισμός για την εξεύρεση χώρου με άλλες παράκτιες δραστηριότητες, όπως ο τουρισμός.